Hacia el año 1000, el primer ermitaño llamado Gombaud se instaló en una cueva de la orilla izquierda del Creuse, en cuyo fondo brotaba un manantial, la "fuente de Gombaud", que dio nombre a la abadía y al pueblo.

Con el paso de los años, una pequeña colonia de ermitaños creció a su alrededor, excavando sus celdas en la roca y construyendo una capilla dedicada a San Julián, primer obispo de Le Mans.

En 1091, el superior de esta pequeña comunidad de eremitas, Pierre de l'Étoile, decidió con algunos de sus compañeros cruzar la Creuse para fundar un monasterio bajo la Regla de San Benito.

El primer abad de Fontgombault conoció a san Bernardo de Tiron, del que fue consejero y amigo, así como al beato Roberto d'Arbrissel, fundador de la Orden de Fontevraud, a san Raúl de la Futaye y a san Vital de Savigny. Murió en 1114 de una "enfermedad ardiente" y no vivió para ver la dedicación de la iglesia abacial, que probablemente tuvo lugar hacia 1145. Sus restos fueron hallados en 1954 en la antigua sala capitular y trasladados a la nave de la iglesia.

Durante más de dos siglos, el monasterio disfrutó de un periodo de prosperidad. En los alrededores del monasterio, como en Loups, pero también en Touraine, Poitou, Orléanais y Vendôme, y tan lejos como Aunis, los monjes de Fontgombault crearon una veintena de prioratos, al principio todos ocupados por unos pocos monjes que debían supervisar el cultivo de la tierra, a veces trabajando con sus manos, y prestar el oficio divino en una capilla.

La nueva abadía formaba parte del movimiento del "nuevo monacato", ejemplificado en particular por la Orden de Cîteaux, que pretendía promover una aplicación más literal de la Regla y devolver el trabajo manual al lugar que le correspondía.

La prosperidad material no estuvo exenta de peligros para la pureza de la vida monástica: los oficios clericales se erigieron en beneficios que sus titulares podían administrar a su antojo, y pronto las rentas de ciertos prioratos quedaron adscritas a estos oficios, así como otras rentas. Esta disposición chocaba con el ideal benedictino, que reserva al abad todo el gobierno del monasterio, tanto espiritual como temporal, estando todos obligados a la pobreza individual.

Además de los estragos de la peste negra, la abadía sufrió mucho durante la Guerra de los Cien Años entre ingleses y franceses. En 1356, la región se convirtió en escenario de operaciones militares que provocaron la devastación inicial del monasterio. Tras el Tratado de Brétigny (1360), que cedió la región de Poitou a los ingleses, se instaló una guarnición inglesa en el lugar, y los últimos tramos de la nave de la iglesia se convirtieron en una fortaleza. Fue el caballero Bertrand du Guesclin quien liberó la región en 1372: sabemos que luchó en el fuerte de Fontgombault.

Hubo algunos momentos de respiro, pero para hacer frente a las demandas de subsidios, tanto reales como eclesiásticos, hubo que vender parte del patrimonio. El número de monjes se redujo progresivamente a doce a finales del siglo XIV, y apenas superó esta cifra a partir de entonces, ya que las fincas ya no podían mantener una comunidad numerosa.

A partir de 1412, una segunda fase de la guerra dejó el país expuesto a las atrocidades de las tropas armadas y los bandoleros. Sin embargo, a partir de la década de 1460, un cierto renacimiento económico de la región, así como las donaciones reales, permitieron el desarrollo de las fincas mediante la creación de estanques en la región de Brenne, así como la restauración de los edificios del monasterio: la sala de calderas y el refectorio fueron dotados de nuevas bóvedas de crucería, al igual que la sacristía, y el claustro original, hoy desaparecido, fue parcialmente reconstruido.

En 1500, una competición por el puesto de abad entre el candidato elegido por la comunidad y el favorecido por el rey desemboca en una intervención armada en la que los monjes son duramente golpeados. El asunto se somete al Parlamento de París, que en 1501 se pronuncia a favor del candidato de los monjes.

Pronto, sin embargo, y hasta la Revolución Francesa, todos los abades de Fontgombault (con una excepción) mantuvieron la abadía en encomienda: elegidos por el Rey y presentados por él al Papa, estos eclesiásticos, que no eran monjes, estaban a menudo más preocupados por los ingresos que podían obtener de sus beneficios que por el bienestar espiritual de la comunidad.

Esta institución de los abades comendatarios seculares era una plaga para los monasterios, al igual que la de los "abades confidenciales", que eran clérigos titulares de la abadía, pero en realidad estaban a sueldo de laicos locales sin escrúpulos en los que el rey había delegado su poder de nombramiento, y que administraban los bienes del monasterio en beneficio propio. Como consecuencia, la abadía de Fontgombault cayó bajo el control de los señores protestantes, que no tuvieron reparos en saquear los bienes temporales del monasterio.

En 1569, un destacamento calvinista del gran ejército de Coligny saqueó el monasterio e incendió la iglesia y los edificios del convento. Los monjes se vieron obligados a vivir en las dependencias de la abadía, en detrimento de la vida monástica. Veinte años más tarde, en 1589, en el marco de la lucha entre Enrique IV y la Liga, el fuerte de Fontgombault tuvo que mantener in situ una guarnición de veinte hombres, a expensas del abad.

En la primera mitad del siglo XVII, los pocos monjes que se refugiaban a la sombra de las ruinas tuvieron que defender a menudo sus derechos. La observancia monástica se vio gravemente perturbada, ya no había Prior, cada uno vivía a su antojo y sólo se reunían para el oficio.

En 1656, el nombramiento de Anselme Mornet como abad comendatario supuso una oportunidad de renovación. Religioso agustino, pretendía mantener la Abadía "en buena posición" y no en encomienda. Aunque no vivía en la abadía, reunió a la comunidad e impuso reglas más estrictas. Sobre todo, en 1674, nombra a un prior de gran mérito, Dom Andrieu. Suprime el ahorro privado de los monjes y pone en común sus ingresos. Emprende una restauración general de los edificios monásticos: coro abacial, dormitorio, enfermería, refectorio, claustro, panadería, lagar y capilla Saint-Julien. Escribe una Historia de la abadía. A su muerte, en 1705, la comunidad había recuperado su tamaño habitual, gracias a su fervor.

El fervor continuó durante algún tiempo, pero el reclutamiento se agotó y en 1741 sólo quedaban cinco religiosos. El arzobispo de Bourges decidió entonces extinguir la comunidad a perpetuidad e instalar en su lugar a los Lazaristas de Bourges, seguidos por los Sulpicianos a partir de 1779. Los abades comendatarios siguieron percibiendo su parte de los ingresos, y el último de ellos, François-Régis de Rech de Saint-Amans, llegó a proponer en 1786 la demolición de la iglesia abacial; providencialmente, la operación se consideró poco rentable.

La agitación revolucionaria puso fin a la ruina del monasterio. Los edificios del monasterio y todas las fincas se vendieron como propiedad nacional el 2 de julio de 1791. Las ruinas de la iglesia se utilizaron como cantera de piedra.

La iglesia y los edificios monásticos deben su salvación a la iniciativa de dos sacerdotes de la diócesis de Bourges, los abades Lenoir y Damourette, que emprendieron su restauración en 1848.

Para repoblar el monasterio, los cistercienses de Bellefontaine enviaron un grupo el día de Todos los Santos de 1849, reforzado en 1858 por un grupo de una veintena de monjes de la abadía de Melleray (que envió una veintena más en los años siguientes). En 1859, se restituye el título abacial y Dom Dosithée Pellan toma el relevo al frente de la comunidad, que acoge una colonia penal de jóvenes delincuentes colocados por la justicia para aprender un oficio manual y recibir una formación religiosa básica. La abadía llegó a acoger hasta trescientos niños.

En 1878, Dom Albéric Baranger sucede a Dom Dosithée. A pesar de las dificultades materiales provocadas por la repentina retirada de la colonia en 1880 por parte del ministro anticlerical Jules Ferry, pudo seguir desarrollando el monasterio, en particular restaurando la capilla de Saint-Julien y la casa de huéspedes.

Mientras tanto, el abate Lenoir prosigue incansablemente su trabajo, y en diez años se levanta la nave; pero la dedicación del edificio restaurado, prevista para 1899, es impedida en el último momento por un ministerio sectario.

El sucesor de Dom Albéric en 1902, Dom Fortunat Marchand, heredó una difícil situación financiera, agravada por el acoso del gobierno a los religiosos. En mayo de 1903, algunos de los monjes se exiliaron a Estados Unidos para fundar un nuevo monasterio, mientras que los demás se dispersaron por otras trapas de Francia. Desgraciadamente, la joven fundación estadounidense no pudo continuar, ya que sus edificios fueron pronto destruidos por un incendio accidental.

En 1905, Louis Bonjean compró los edificios de Fontgombault para crear diversas obras sociales, entre ellas una fábrica cooperativa de botones; éste fue el origen del pequeño complejo de pabellones destinados a albergar a las familias de los trabajadores que hoy se levanta cerca de la granja de la Abadía.

En 1919 se abrió el colegio Saint-Martin, un seminario menor con una sección para vocaciones tardías, en una parte de los locales alquilados a la diócesis de Bourges, que floreció durante unos treinta años.

Después de la guerra, la diócesis de Bourges reagrupa a sus seminaristas y se dirige a la abadía de Solesmes con la propuesta de reactivar la vida monástica en Fontgombault. El abad de Solesmes, Dom Germain Cozien, aceptó, y los primeros monjes fundadores llegaron de Solesmes en mayo de 1948.

En 1953, el antiguo título abacial vuelve a elevarse y Dom Cozien nombra a Dom Édouard Roux al frente de la nueva abadía. Poco a poco este fue restaurando los edificios conventuales, acondicionando el interior de la iglesia abacial y preparándola para la grandiosa ceremonia de dedicación del 5 de octubre de 1954. Sobre todo, se esforzó por transmitir el ideal monástico que él mismo había experimentado en Solesmes y sentar las bases sólidas de una comunidad ferviente y trabajadora.

Tras su muerte, el 19 de marzo de 1962, a la edad de 66 años, la comunidad eligió como sucesor a Dom Jean Roy, bajo cuyo abbacialato creció notablemente en unos años difíciles en los que muchas comunidades religiosas estaban en declive. Tuvo que construir para hacer frente a la afluencia de vocaciones, y pronto estuvo en condiciones de fundar dos nuevos monasterios, en Randol, en la diócesis de Clermont, en 1971, y en Gricigliano, en Italia, en la diócesis de Florencia, en 1976. Este último, al no atraer suficientes vocaciones italianas, se cerró posteriormente para convertirse en la casa de formación del Instituto de Cristo Rey Sacerdote Soberano.

Dom Jean Roy falleció repentinamente en Roma en 1977, y la cruz fue confiada por los monjes a Dom Antoine Forgeot, su prior. Los treinta y cuatro años de abbatiato de Dom Forgeot vieron la consolidación y la independencia de la fundación auvernesa de Notre-Dame de Randol, seguida de la creación de otras tres fundaciones: la de Notre-Dame de Triors en la diócesis de Valence en 1984,...

..., la de Gaussan en la diócesis de Carcasona en 1994, comunidad que más tarde se trasladó a una zona montañosa de la diócesis para convertirse en la Abadía Notre-Dame de Donezan,...

... y la de Notre-Dame de Clear Creek en Estados Unidos, en Oklahoma, en 1999.

Sintiendo el peso de la edad, Dom Forgeot cedió su cargo abacial al abad de Solesmes en el verano de 2011. La comunidad eligió como sucesor a Dom Jean Pateau, su Prior, que recibió la bendición abacial el 7 de octubre. En los primeros años de su gobierno, Fontgombault también vio partir a un grupo de monjes enviados a hacerse cargo de la abadía de Saint-Paul de Wisques (2013), cuya comunidad envejecida estaba desde hace muchos años debilitada por la falta de vocaciones.

En los años siguientes, se sucedieron las obras de mantenimiento, renovación y desarrollo de las actividades monásticas, o simplemente de embellecimiento de la finca de Notre-Dame, con vistas a hacer florecer el ideal monástico recibido y fielmente transmitido.

Que la Virgen María siga bendiciendo esta casa,
manteniendo a los monjes fieles a su vocación,
para que Fontgombault sea siempre un jardín de infancia para los hijos de María,
en su camino hacia la vida eterna.