Vers l'an mil, un premier ermite du nom de Gombaud s'installa dans une grotte en rive gauche de la Creuse, au fond de laquelle jaillissait une source, la "fontaine de Gombaud", qui donna son nom à l'abbaye et au village.

Au fil des ans se constitua autour de lui une petite colonie d'ermites qui taillèrent dans le roc leurs cellules, puis édifièrent une chapelle dédiée à saint Julien, premier évêque du Mans.

En 1091, le supérieur de cette petite communauté d'ermites, Pierre de l'Étoile, décida avec quelques-uns de ses compagnons de traverser la Creuse pour fonder un monastère sous la Règle de saint Benoît.

Le premier abbé de Fontgombault connaissait saint Bernard de Tiron, dont il fut le conseiller et l'ami, le bienheureux Robert d'Arbrissel, fondateur de l'ordre de Fontevraud, ainsi que saint Raoul de la Futaye et saint Vital de Savigny. Décédé en 1114 du « mal des ardents », il ne vit pas la dédicace de l'abbatiale, qui eut probablement lieu vers 1145. Ses restes furent retrouvés en 1954 dans l'ancienne salle capitulaire, puis transférés dans la nef de l'église.

Pendant plus de deux siècles, le monastère connut une période de prospérité. Dans les alentours du monastère, comme à Loups, mais aussi en Touraine, en Poitou, dans l’Orléanais et dans le Vendômois, et jusqu'en Aunis, les moines de Fontgombault créèrent une vingtaine de prieurés, à l’origine tous occupés par quelques religieux qui devaient surveiller l'exploitation des terres, travailler parfois de leurs mains, et assurer l'office divin dans une chapelle.

La nouvelle abbaye se situait dans le courant du « nouveau monachisme », illustré notamment par l’ordre de Cîteaux, qui voulait promouvoir une pratique plus littérale de la Règle et redonner sa place au travail manuel.

La prospérité matérielle n'est pas sans danger pour la pureté de la vie monastique : les charges claustrales furent érigées en bénéfices que leur titulaire administrait à son gré, et bientôt les revenus de certains prieurés furent attachés à ces charges, ainsi que d’autres rentes. Cette disposition s'opposait à l'idéal bénédictin qui réserve à l'abbé l’entier gouvernement du monastère, au spirituel comme au temporel, tous étant tenus à la pauvreté individuelle.

Par ailleurs, en plus des ravages de la peste noire, l'Abbaye souffrit beaucoup de la guerre de Cent ans, qui opposa Anglais et Français. En 1356, la région devint en effet le théâtre d'opérations militaires qui entraînèrent une première dévastation du monastère. Après le traité de Brétigny (1360), qui cédait le Poitou aux Anglais, une garnison anglaise s'installa sur place, les dernières travées de la nef de l'église étant aménagées en forteresse. Ce fut le chevalier Bertrand du Guesclin qui libéra la région en 1372 : on sait qu'il se battit au fort de Fontgombault.

Il y eut quelques moments de répit, mais pour faire face aux demandes de subsides, tant royales qu'ecclésiastiques, on fut forcé d’aliéner une partie du patrimoine. L'effectif de la communauté se réduisit progressivement à douze moines à la fin du XIV^e siècle, pour ne plus guère dépasser ce chiffre par la suite, les domaines ne permettant plus de faire vivre une nombreuse communauté.

À partir de 1412, une seconde phase de la guerre livra le pays aux exactions des troupes armées et des brigands. Mais à partir des années 1460, une certaine renaissance économique de la région, ainsi que des donations royales, permirent la mise en valeur des domaines par la création d'étangs en Brenne, ainsi qu'une restauration des bâtiments conventuels : le chauffoir et le réfectoire furent munis de nouvelles voûtes d'ogives, ainsi que la sacristie, et le cloître originel, aujourd’hui disparu, fut partiellement réédifié.

En 1500, une compétition pour le siège abbatial entre le candidat élu par la communauté et celui favorisé par le Roi donna lieu à une intervention armée où les religieux furent gravement molestés. Le Parlement de Paris, saisi de cette affaire, se prononça en 1501 en faveur du candidat des moines.

Mais bientôt et jusqu'à la Révolution, tous les abbés de Fontgombault (à une exception près) tiendront de fait l'abbaye en commende : choisis par le Roi et présentés par lui au Pape, ces ecclésiastiques, qui n'étaient pas moines, furent souvent plus soucieux des revenus qu'ils pouvaient retirer de leur bénéfice que du bien spirituel de la communauté.

Cette institution des abbés commendataires séculiers fut une plaie pour les monastères, de même que celle des "abbés confidentiaires", clercs titulaires de l'Abbaye, mais en fait à la solde de laïcs de la région peu scrupuleux à qui le Roi avait délégué son pouvoir de nomination, et qui administraient à leur profit les biens du monastère. C’est ainsi que l'abbaye de Fontgombault tomba sous la coupe de seigneurs protestants qui ne se firent pas scrupule de piller le temporel.

En 1569, un détachement calviniste de la grande armée de Coligny pilla le monastère et mit le feu à l'église et aux bâtiments conventuels. Les religieux durent se loger dans les dépendances de l'Abbaye, au préjudice de la vie monastique. Vingt ans après, en 1589, dans la cadre de la lutte entre Henri IV et la Ligue, le fort de Fontgombault dut entretenir sur place, aux frais de l'Abbé, une garnison de vingt hommes.

Dans la première moitié du XVII^e siècle, les quelques moines qui s'abritaient à l'ombre des ruines eurent souvent à plaider pour défendre leurs droits. L'observance monastique en était gravement troublée, il n'y avait plus de Prieur, chacun vivait à sa guise, et on ne se réunissait que pour l'office.

En 1656, la nomination d'Anselme Mornet comme Abbé commendataire fut l'occasion d'un renouveau. Religieux augustin, il entendait tenir l'Abbaye "en règle" et non en commende. Sans résider lui-même à l'Abbaye, il regroupa la communauté et lui imposa un règlement de vie plus strict. Surtout, il nomma en 1674 un prieur d'une grande valeur, Dom Andrieu. Celui-ci supprima le pécule privé des religieux et mit en commun les revenus. Il entreprit une restauration générale des bâtiments monastiques : chœur de l'abbatiale, dortoir, infirmerie, réfectoire, cloître, boulangerie, pressoir et chapelle Saint-Julien. Il rédigea une Histoire de l'Abbaye. À sa mort, en 1705, la communauté avait retrouvé, avec la ferveur, son effectif régulier.

La ferveur se maintint quelque temps, mais le recrutement se tarit et en 1741, il ne restait que cinq religieux. L'archevêque de Bourges décida alors d'éteindre la communauté à perpétuité, pour installer les Lazaristes de Bourges à sa place, puis des Sulpiciens à partir de 1779. Les abbés commendataires continuaient de prélever leur part des revenus, et le dernier d'entre eux, François-Régis de Rech de Saint-Amans, proposa même en 1786 de démolir l'abbatiale ; providentiellement, l'opération fut jugée non rentable.

La tourmente révolutionnaire mit enfin son comble à la ruine du monastère. Les bâtiments conventuels et tous les domaines furent vendus comme biens nationaux le 2 juillet 1791. Les ruines de l'église servirent de carrière de pierre.

L'église et les bâtiments monastiques durent leur salut à l'initiative de deux prêtres du diocèse de Bourges, les abbés Lenoir et Damourette, qui en entreprirent la restauration en 1848.

Pour repeupler le monastère, les cisterciens de Bellefontaine envoyèrent un essaim à la Toussaint de 1849, renforcé en 1858 par un groupe d'une vingtaine de moines de l'Abbaye de Melleray (qui en enverra encore une vingtaine d'autres dans les années suivantes). En 1859, le titre abbatial était restauré et Dom Dosithée Pellan prenait la tête de la communauté, qui accueillit une colonie pénitentiaire de jeunes délinquants placés par la justice pour y apprendre un métier manuel et recevoir une formation religieuse élémentaire. L'Abbaye reçut ainsi jusqu'à plus de trois cents enfants.

En 1878, Dom Albéric Baranger succéda à Dom Dosithée. Malgré les difficultés matérielles dues au brusque retrait de la colonie en 1880 par le ministre anticlérical Jules Ferry, il put continuer la mise en valeur du monastère, en particulier en restaurant la chapelle Saint-Julien et l'hôtellerie.

Pendant ce temps, l'abbé Lenoir continuait infatigablement ses travaux, et la nef fut relevée en l'espace de dix ans ; mais la dédicace de l'édifice restauré, prévue en 1899, fut interdite au dernier moment par un ministère sectaire.

Le successeur de Dom Albéric en 1902, Dom Fortunat Marchand, hérita d'une situation financière difficile, aggravée par les tracasseries du gouvernement contre les religieux. En mai 1903, une partie des moines s'exila aux États-Unis pour fonder un nouveau monastère, et les autres se répartirent dans d'autres trappes en France. La jeune fondation américaine, victime très tôt d'un incendie accidentel de ses bâtiments, ne put hélas se maintenir.

En 1905, Louis Bonjean racheta les bâtiments de Fontgombault pour installer diverses oeuvres sociales, dont une boutonnerie coopérative ; c'est l'origine du petit ensemble de pavillons destiné au logement des familles des ouvriers qui se trouve aujourd'hui à proximité de la ferme de l'Abbaye.

En 1919 s'ouvrait l'école Saint-Martin, un petit séminaire doublé d'une section de vocations tardives, dans une partie des locaux louée au diocèse de Bourges, qui prospéra pendant une trentaine d'années.

Après la guerre, le diocèse de Bourges procéda au regroupement de ses séminaristes et proposa à l'Abbaye de Solesmes de faire renaître la vie monastique à Fontgombault. L'Abbé de Solesmes, Dom Germain Cozien, accepta, et les premiers moines fondateurs arrivèrent de Solesmes en mai 1948.

En 1953, l'ancien titre abbatial était de nouveau relevé, et Dom Cozien nommait à la tête de la nouvelle abbaye Dom Édouard Roux. Celui-ci remit progressivement en état les lieux conventuels, réaménageant l'intérieur de l'église abbatiale et la préparant pour la grandiose cérémonie de sa dédicace qui eut lieu le 5 octobre 1954. Il s'attacha surtout à transmettre l'idéal monastique qu'il avait lui-même vécu à Solesmes, et à assurer solidement les bases d'une communauté fervente et laborieuse.

Après son décès le 19 mars 1962 à l'âge de 66 ans, la communauté élut pour lui succéder Dom Jean Roy, sous l'abbatiat duquel elle prit un essor remarquable, dans des années difficiles où de nombreuses communautés religieuses déclinaient. Il dut construire pour faire face à l'afflux des vocations, et se trouva bientôt en état de fonder deux nouveaux monastères, celui de Randol dans le diocèse de Clermont en 1971, et celui de Gricigliano en Italie, dans le diocèse de Florence en 1976. Ce dernier, n'ayant pas réussi à attirer suffisamment de vocations italiennes, dut être fermé par la suite, pour devenir la maison de formation de l'Institut du Christ-Roi Souverain Prêtre.

Dom Jean Roy décéda subitement à Rome en 1977, et la crosse fut confiée par les moines à Dom Antoine Forgeot, son Prieur. Les trente-quatre années de l'abbatiat de Dom Forgeot virent la consolidation et l'indépendance de la fondation auvergnate de Notre-Dame de Randol, puis l'entreprise de trois autres fondations : celle de Notre-Dame de Triors au diocèse de Valence en 1984,...

..., celle de Gaussan au diocèse de Carcassonne en 1994, communauté qui s'installa par la suite dans une partie montagneuse du diocèse pour devenir l'Abbaye Notre-Dame de Donezan,...

... et celle de Notre-Dame de Clear Creek aux États-Unis, dans l'Oklahoma, en 1999.

Sentant le poids de l'âge, Dom Forgeot remit sa charge abbatiale entre les mains du Père Abbé de Solesmes au cours de l'été 2011. La communauté élut pour lui succéder Dom Jean Pateau, son Prieur, qui reçut la bénédiction abbatiale le 7 octobre suivant. Dans les premières années de son gouvernement, Fontgombault connut encore le départ d'un essaim de moines envoyés reprendre l'Abbaye Saint-Paul de Wisques (2013) dont la communauté âgée était fragilisée depuis de nombreuses années par le manque de vocations.

Dans les années qui suivirent, les travaux se sont succédé pour l'entretien, la rénovation et le développement des activités monastiques, ou tout simplement pour embellir le domaine de Notre-Dame, en vue de l'épanouissement de l'idéal monastique reçu et de sa transmission fidèle.

Puisse la Vierge Marie continuer à bénir cette maison,
gardant les moines fidèles à leur vocation,
afin que Fontgombault soit toujours un jardin d'enfants de Marie,
en chemin vers l'éternelle vie.